やはり、初期近代の印刷本に印刷されているテキストのパンクチュエーション（句読法？）を、校訂版を出す際にそのままにしてしまうのはどうかと思います。
もちろん、時代が現代に近づくにつれて、筆者自身の手稿が残っていたりするわけで（ガリレオが典型的です）、そのときに、その手稿にあるパンクチュエーションを変えていいのか？と真顔で迫られたらちょっと躊躇してしまいます。
しかし現代のラテン語の普及水準と学者たちの力を考えれば、たとえ著者自身の手稿があったとしても、読みやすいテキストを提供するのが最優先でしょう（できれば翻訳をつけて）。実際、現代風にパンクチュエーションを変えるだけで見違えるようにテキストは読みやすくなるものなのです。
