- Charles Lohr, "The Sixteenth-Century Transformation of the Aristotelian Natural Philosophy," in Aristotelismus und Renaissance: in memoriam Charles B. Schmitt, ed. Eckhard Kessler, Charles Lohr and Walter Sparn (Wiesbaden: Harrassowitz, 1988), 89–99.
ピエトロ・ポンポナッツィは、アリストテレスの哲学によっては霊魂の不死性を証明することはできないと主張した。これはアリストテレス哲学とキリスト教の啓示とが衝突するという主張でもあった。これをうけて多くのドミニコ会士たちが応答を開始する。彼らの多くは依然としてアリストテレスとキリスト教との両立をはかっていた。しかしカイエタヌスとCrisostomo Javelliは、アリストテレスの哲学と啓示とが衝突しうることを認めた。とりわけJavelliは、アリストテレスの見解にかかわらず、霊魂の不死性は理性によって証明しうると主張した。このJavelliの見解はそれ以前の300年に進行していたスコラ学の展開の帰結とみなしうる。それはどういうことか。
13世紀のはじめより、神学者たちはアリストテレスを利用して、神学を信仰箇条を公理に置く論証的学問にしようとした。このとき個別学問（神学）の原理は信仰箇条とされ、さらに他の学問にも適用可能な一般原理として形而上学の原理が採用された。こうしてアリストテレスの名の下に神学と形而上学が調和させられる。たとえばアクィナスにおいては、創造主としての神といった神学の観念は、存在の原因という形で形而上学のうちに組み込まれている（ただし神の本質は啓示によってしか知ることができない）。スコトゥスによると、啓示を得たのちの人間は、非物質的な存在について知るようになっている。よって知性が最初に認識するのは感覚より来るものではなく、一般的な存在（ens sub ratione entis）である。この存在一般についての学問が形而上学である。一般的な存在のうちには、無限の存在、有限の存在、非造存在、被造存在といった区別がたてられることになる。
アクィナスとスコトゥスの学説が秘めた可能性が引き出されたのは、彼らより100年ほどのちのことであった。その100年のあいだに自然哲学は発展をとげ、じょじょにアリストテレスの世界観から離脱していっていた。神学の方からは、アリストテレスの学説の断罪により、哲学をアリストテレスから切り離す動きが促進されていた。だが15世紀になると教会は自然哲学を教える学芸学部が強い自律性をもつことを警戒しはじめる。100年戦争のおわりと、バーゼル公会議以降のパリ大学の組織再編が天気となった。公会議での教皇の勝利は、アクィナスに代表される古典的スコラ学者への回帰を意味した。
ここでアクィナスの学説の意義が引き出される。彼は神の本質のようなことがらは理性によっては理解できないとした。ここで啓示を独占する聖職者たちの権利が守られる。さらに啓示と衝突する自然哲学の学説は、矛盾律という形而上学的前提から否定されるので、聖職者たちは学芸学部へのコントロールを働かせることもできる。一方で、哲学は形而上学という一般原則と、個別学問の原則にしたがって、啓示と衝突しない限りで自律的な活動が一定程度保証される。こうして14世紀になされた自然哲学の発展は保持される［Nicholas BonetとJohn Versorがこのような可能性を引き出した人物としてあげられる］。
アクィナスやスコトゥスをもとにこうして発展させられたスコラ学の形而上学は、聖職者の利害を守りながら、自然哲学の発展を保全するような形で設計されていた。しかもスコラ学者たちは、アリストテレスの形而上学の枠組みのうちに、無限・有限、非造・被造といったキリスト教に由来する区別を導入していた。こうした区分からは、存在の階層構造が引き出され、これがまた聖職者と属人という社会階層の区別を正当化することにも寄与していた。このようなキリスト教化されたアリストテレス形而上学が、15世紀中頃にイタリアに導入されると衝突が始まる。本格的な神学を欠いたイタリアの大学では、アリストテレスをキリスト教と分離させて読もうという哲学者がおり、彼らが北方より移入してきたキリスト教化されたアリストテレス主義に抵抗したのである。
この抵抗を前にして、北方由来のスコラ学を支持するものたちは、キリスト教化されたアリストテレス形而上学から、そもそもアリストテレスを切り離すということを行った。なるほどたしかにポンポナッツィらが主張するように、アリストテレスの哲学からは霊魂の不死性は証明できないかもしれない。しかしアリストテレスとは無関係に、アクィナスやスコトゥスが築き上げた形而上学から霊魂の不死性は証明できるのである、と。カイエタヌスとJavelliが行ったのはこれであった。こうしてアリストテレスから切り離された形而上学の原則のもとに、自然哲学という個別学問が置かれるようになった。ここからアリストテレスから自立した自然探求がはじまるのである。
